Bộ truyện này có một câu chuyện gốc, mô tả các thiên tài trẻ tuổi Mei Kamino, một nữ nhà nghiên cứu và Yun Arikawa, một nam kỹ sư, khi họ đối mặt với một mối đe dọa chưa từng có với những người bạn đồng hành của mình. Khi nguy hiểm đến từ sâu thẳm, chỉ những thiên tài trẻ tuổi Mei, Yun và nhóm của họ mới có thể đối mặt với mối đe dọa trong Godzilla Singular Point!