Tám năm sau sự kiện của Macross F , một hiện tượng bí ẩn được gọi là Hội chứng Var đang dần nuốt chửng thiên hà. Việc đối phó với mối đe dọa toàn cầu này phụ thuộc vào một thế hệ phi công Valkyrie mới có năng lực cao. Và nếu họ chưa có đủ trên đĩa của mình, đội chiến đấu của Hiệp sĩ trên không Valkyrie từ Vương quốc gió đã đến để thách thức Phi đội Delta.